พระเจ้าชาลส์ทรงฉวยโอกาสขณะที่ความสนใจในตัวพระองค์หันเหไปทางอื่น โดยทรงไปเจรจาต่อรองตกลงกับฝ่ายสกอตแลนด์โดยทรงสัญญาว่าจะพระราชทานพระบรมราชานุญาตในการปฏิรูปศาสนาเมื่อวันที่ 28 ธันวาคม ค.ศ. 1647 แม้ว่าขณะนั้นจะยังคงทรงเป็นนักโทษอยู่แต่ข้อตกลงนี้เป็นการนำไปสู่สงครามกลางเมืองครั้งที่ 2

การก่อความไม่สงบโดยฝ่ายกษัตริย์นิยมเริ่มเกิดขึ้นโดยทั่วไปอีกครั้งในอังกฤษและการรุกรานโดยสกอตแลนด์ก็เริ่มขึ้นในฤดูร้อนของปี ค.ศ. 1648 กองกำลังของฝ่ายรัฐสภา[12] สามารถกำหราบความไม่สงบเล็กๆ น้อยๆ ในอังกฤษได้เกือบทั้งหมดแต่ความไม่สงบในเค้นท์, เอสเซ็กซ์, คัมเบอร์แลนด์, การปฏิวัติในเวลส์ และการรุกรานของสกอตแลนด์เป็นการต่อสู้แบบประจันหน้าและเป็นการต่อสู้ที่ยืดเยื้อกว่า

ในฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ. 1648 ทหารฝ่ายรัฐสภาที่ยังไม่ได้รับค่าจ้างในเวลส์ก็เปลี่ยนข้างไปเป็นฝ่ายพระเจ้าชาลส์ แต่นายพันทอมัส ฮอร์ตันก็สามารถกำหราบได้ในยุทธการเซนต์เฟกันส์ เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม หลังจากนั้นผู้นำของฝ่ายปฏิวัติก็วางอาวุธเมื่อวันที่ 11 กรกฎาคมหลังจากเพมโบรคถูกล้อม (siege of Pembroke) อยู่สองเดือน ต่อมาทอมัส แฟร์แฟ็กซ์ก็ได้รับชัยชนะต่อฝ่ายกษัตริย์นิยมในเค้นท์ในยุทธการเมดสตันเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน หลังจากได้รับชัยชนะที่เมดสตันและเค้นท์แล้วลอร์ดแฟร์แฟ็กซ์ก็หันทัพขึ้นเหนือเพื่อไปปราบเอสเซ็กซ์ ที่เริ่มแข็งตัวขึ้นภายใต้การนำของเซอร์ชาลส์ ลูคัส (Charles Lucas) แม้ว่าฝ่ายกษัตริย์นิยมจะเพิ่มจำนวนขึ้นมากมาย แต่ลอร์ดแฟร์แฟ็กซ์ก็สามารถขับฝ่ายฝ่ายกษัตริย์นิยมถอยเข้าไปในเมืองโคลเชสเตอร์ แต่การโจมตีโคลเชสเตอร์ครั้งแรกได้รับการต่อต้านอย่างหนักจากชาวเมือง จนแฟร์แฟ็กซ์ต้องตั้งหลักล้อมเมืองโคลเชสเตอร์อยู่สิบเอ็ดอาทิตย์ก่อนที่จะฝ่ายนิยมกษัตริย์จะยอมแพ้

ทางด้านเหนือของอังกฤษ นายพลจอห์น แลมเบิร์ตได้รับความสำเร็จในการต่อสู้กับฝ่ายกษัตริย์นิยมที่แข็งตัวขึ้น — ศึกที่ใหญ่ที่สุดเป็นการต่อสู้กับเซอร์มาร์มาดยุค แลงเดลในคัมเบอร์แลนด์ เจมส์ แฮมมิลตัน ดยุคแห่งแฮมมิลตันที่ 1 ผู้นำฝ่ายสกอตแลนด์เดินทัพไปทางตะวันตกยังคาร์ไลล์ ในการสนับสนุนฝ่ายกษัตริย์นิยมโดยการรุกรานจากสกอตแลนด์ ฝ่ายรัฐสภาภายใต้การนำของครอมเวลล์ประจันหน้ากับกองทัพสกอตแลนด์ในยุทธการเพรสตันระหว่างวันที่ 17 สิงหาคม ถึงวันที่ 19 สิงหาคม ค.ศ. 1648 ยุทธการส่วนใหญ่เกิดขึ้นที่วอลตัน-เลอ-เดลใกล้เพรสตันในแลงคาสเชอร์ ผลของยุทธการก็คือครอมเวลล์ได้รับชัยชนะต่อฝ่ายกษัตริย์นิยมและฝ่ายสกอตแลนด์ที่นำโดยเจมส์ แฮมมิลตัน ชัยชนะของฝ่ายรัฐสภาครั้งนี้เป็นการยุติสงครามกลางเมืองอังกฤษครั้งที่ 2

หลังสงครามกลางเมืองครั้งที่ 1 ฝ่ายกษัตริย์นิยมที่ร่วมในสงครามเกือบทั้งหมดได้รับการอภัยโทษโดยมีเงื่อนไขว่าห้ามถืออาวุธในการต่อต้านฝ่ายรัฐสภาหลังจากนั้น ผู้มีศักดิ์ศรีฝ่ายกษัตริย์นิยมเช่นเจคอป แอสต์ลีย์ บารอนแอสต์ลีย์แห่งเรดดิงที่ 1 ไม่ยอมเสียคำพูดโดยการไม่ร่วมในสงครามกลางเมืองครั้งที่ 2 ฉะนั้นฝ่ายรัฐสภาผู้ได้รับชัยชนะในสงครามครั้งที่ 2 จึงมิได้แสดงความปราณีต่อผู้ลุกขึ้นจับอาวุธเป็นครั้งที่สอง ค่ำวันที่โคลเชสเตอร์ยอมแพ้ฝ่ายรัฐสภาก็ประหารชีวิตเซอร์ชาลส์ ลูคัสและเซอร์จอร์จ ลิสเซิล (George Lisle) ผู้มีอำนาจฝ่ายรัฐสภาตัดสินลงโทษผู้นำการต่อสู้ในเวลส์ที่รวมทั้งนายพลโรว์แลนด์ ลาฟาร์น (Rowland Laugharne), นายพันจอห์น พอยเยอร์ (John Poyer) และนายพันไรซ์ เพาเวล (Rice Powel) โดยการประหารชีวิต แต่อันที่จริงแล้วก็สังหารพอยเยอร์เพียงคนเดียวเมื่อวันที่ 25 เมษายน ค.ศ. 1649 โดยการเลือกจากสามคน ในบรรดาผู้นำที่เป็นขุนนางคนสำคัญๆ ของฝ่ายกษัตริย์ห้าคนที่ตกไปอยู่ในเงื้อมือของฝ่ายรัฐสภาสามคน เจมส์ แฮมมิลตัน ดยุคแห่งแฮมมิลตันที่ 1, เฮนรี ริช เอิร์ลแห่งฮอลแลนด์ที่ 1 และอาร์เธอร์ เคเพลล์ บารอนคาเพลล์แห่งแฮดแฮมที่ 1 ถูกประหารชีวิตโดยการตัดหัวที่เวสต์มินสเตอร์เมื่อวันที่ 9 มีนาคม